Дивовижна історія планети, населеної мавпами, триває. У попередній частині Цезар перед своєю смертю привів мавпячий народ у квітучий оазис, де багато років вони проживали, поступово розділяючись на різні клани. Тим часом люди опустилися і стали напівдикими. Пам'ять про Цезаря жива в душах і серцях, він навіки залишається героєм. Однак один із лідерів спотворює його заповіти з метою маніпуляції іншими представниками кланів, щоб зробити їх слухняним інструментом для знаходження секретних

Дії фільму розгортаються після того, як хлопцям вдалося покинути лабіринт. Наступного ранку юнаки опиняються в зовсім іншому світі. Уся планета спорожніла, під палючим сонцем нічого не росте, людство на межі вимирання через постійні спалахи захворювань. Кожному з героїв знову відводиться певна роль і Томас вдруге стає лідером. Тереза тепер належить до іншої групи і всім героям належить пройти через перевірку на міцність своїх стосунків.

Головний герой – підліток Томас, який прокидається у ліфті, але не пам’ятає нічого крім свого імені. Він опиняється серед 60 підлітків, що навчилися виживати у замкненому просторі. Раз на 30 днів прибуває новий хлопчик. Група хлопців живе на "галявині" 2 роки. Вони харчуються тим, що можна виростити на землі, і намагаються знайти вихід з лабіринту, що оточує місце, де вони живуть. Коли герої починають втрачати надію, з’являється дівчинка з дивною запискою. Світ героїв починає

Томас та глейдери, які вижили, знову змушені протистояти секретній організації ПОРОК. Тепер вони мають битися, аби знайти ліки від смертельної хвороби, відомої як «Спалах», яка забрала життя більшої частини людства. Дружба та вірність пройдуть чергову перевірку на міцність, і ми нарешті дізнаємося, хто виживе у фінальній сутичці.