Групу утікачів розшукують по всіх США не тільки агенти ФБР (зокрема, неохайний детектив Олександр Махоуні), але і секретні урядові структури, замішані в махінаціях колишнього президента країни.

Минуло два роки з тої пори, як Віллі було випущено на волю. Під час канікул Джессі з батьками відправляється на узбережжя, де люди часто бачили самотню косатку. Зустріч старих друзів була радісною, але, на жаль, недовгою: старий танкер сів на мілину і нафта, що витікає з судна, поставила під загрозу життя Віллі і всіх інших мешканців океану.

Доктор Темперанс Бреннан, блискучий, але самотній антрополог одержує те, чого вона найменше бажала - напарника. Бюро посилає їй амбіційного агента ФБР Сілі Буту, щоб допомогти в розслідуванні нерозкритих справ шляхом вивчення й ідентифікації кісток давно зниклих людей. Але давно померлі жертви не єдине, з чим прийдеться зіштовхнутися Боунс, Буту і їхній команді, розкриваючи злочин вони часто зіштовхуються з хабарництвом, корупцією й місцевою розрізненістю.