Супергерої приходять та йдуть. Часи минають, а ті, хто стояв на захисті планети, втрачають свої неймовірні сили та залишають таке відповідальне покликання. У центрі уваги сюжету виявляється Шинджіро. Головний герой є сином Шина Хаят, першого Ультрамена. Щоправда, персонаж поки що не знає про те, що його близька людина була супергероєм. Незабаром перед ним відкриється ця дивовижна таємниця. Шинджиро ще дізнається, що сам має унікальні здібності. Він одягне на себе костюм Ультрамена та стане на

2034 рік нашої ери. Пройшло два роки з того часу, як Мотоко Кусанаги ( Kusanagi Motoko) покинула дев'ятий відділ. Новим командиром загону став Тогуса (Togusa); в результаті чого розширився особистий персонал відділу. Розширений дев'ятий відділ повністю зайнятий боротьбою з діяльністю таємничого і обдарованого хакера з кличкою ляльковод (Puppeteer). В процесі розслідування Бато (Batou) стикається з Мотоко. Вона зникає із словами:"Тримайся подалі від "Напівпровідникового