2034 рік нашої ери. Пройшло два роки з того часу, як Мотоко Кусанаги ( Kusanagi Motoko) покинула дев'ятий відділ. Новим командиром загону став Тогуса (Togusa); в результаті чого розширився особистий персонал відділу. Розширений дев'ятий відділ повністю зайнятий боротьбою з діяльністю таємничого і обдарованого хакера з кличкою ляльковод (Puppeteer). В процесі розслідування Бато (Batou) стикається з Мотоко. Вона зникає із словами:"Тримайся подалі від "Напівпровідникового